Il gruppo fu fondato nel 2000 dal cantante/chitarrista Magnus Pelander, il cui intento originale era incidere un singolo di tributo al membro dei Pentagram Bobby Liebling. Pelander registrò quel singolo con l'aiuto di John Hoyles (alla chitarra), i fratelli Ola (al basso) e Jens Henriksson (alla batteria) e lo pubblicò nel 2002 mediante la etichetta Primitive Arts Records. Incoraggiato dal responso, continuò a comporre materiale.

Dopo un anno, entrò in formazione un nuovo batterista: Jonas Arnesén. Il quartetto iniziò a preparare il suo omonimo album di debutto, che avrebbe pubblicato con la Rise Above Records nel 2004. Registrato in un seminterrato dotato esclusivamente di attrezzature d'epoca, l'album catturò un sound anni settanta, influenza non solo dal proto-doom di Black Sabbath e Pentagram, ma anche dalla musica psichedelica e dal folk-rock di gruppi come Leaf Hound, Captain Beyond e Comus.

I Witchcraft hanno pubblicato altri 5 albums, l'ultimo dei quali "Black Metal", realizzato dal solo Pelander, esce nel 2020 su etichetta Nuclear Blast.