Il gruppo nasce a Los Angeles nel 1996, su iniziativa di Billy Howerdel dopo l'incontro con Maynard James Keenan (già frontman dei Tool).
Mer de Noms, pubblicato nel 2000 per la Virgin Records, è il manifesto dell'imminente corso della band.
Thirteenth Step (2003) è un viaggio concettuale all'interno delle zone più buie della psiche umana, risultando nel complesso più oscuro, profondo e introspettivo del disco precedente.

Nel 2004 danno alle stampe eMOTIVe, raccolta di cover con due inediti: Passive (presente nella colonna sonora del film Constantine) e Counting Bodies like Sheeps to the Rhythm of the War Drums. Il resto dell'album è composto da cover di pezzi prettamente contro la guerra, e presenta rivisitazioni di canzoni di Marvin Gaye, dei Black Flag, dei Devo, e di John Lennon, precisamente Imagine.

Nello stesso periodo è uscito anche il DVD aMOTION, contenente video, interviste, materiali speciali e un CD di remix.
Nel 2013 viene pubblicato By and Down, il primo singolo dopo nove anni da eMOTIVe.
La band è tornata attiva nel 2017 annunciando una reunion con conseguente tour in varie località nel nord america tra aprile e maggio 2017. A marzo viene annunciata la firma di un contratto con la BMG Rights Management (il primo dopo circa tredici anni) per il rilascio di un quarto album, disponibile dal 20 Aprile 2018 ed intitolato Eat the Elephant.

Ex componenti
Jeordie White - basso
Paz Lenchantin - basso, violino
Troy Van Leeuwen - chitarra
Tim Alexander - batteria
Josh Freese - batteria