L'idea di formare un supergruppo che unisse musicisti virtuosi a un cantante pop è avvenuta nel 2008 dalla mente del produttore esecutivo Bill Evans. La prima, nonché definitiva, formazione ha visto l'inclusione del bassista Dave LaRue, del tastierista Neal Morse, del chitarrista Steve Morse, del batterista Mike Portnoy e del cantante Casey McPherson.

Il quintetto, sotto la guida del produttore Peter Collins, ha registrato e prodotto il primo omonimo album in studio il 26 marzo 2012. Tale disco ha debuttato alla nona posizione della Hard Rock Albums stilata dalla rivista Billboard e all'undicesima posizione nella Rock Album Chart stilata dalla BBC. In seguito alla pubblicazione dell'album, i Flying Colors si sono esibiti in un tour mondiale, che ha visto il culmine con la pubblicazione di "Live in Europe", pubblicato il 15 ottobre 2013.

Nel mese di dicembre 2013 Neal Morse ha annunciato l'inizio delle registrazioni di un secondo album in studio del gruppo. Intitolato "Second Nature", l'album è stato pubblicato il 30 settembre 2014 dalla Mascot Label Group.

L'ultima fatica discografica "Third Degree", risale al 2019.