Nel 1989 Jan Rechberger e Esa Holopainen suonavano in una speed thrash metal band, i Violent Solution che, l'anno precedente Tomi Koivusaari aveva abbandonato per formare il gruppo death metal Abhorrence.
Durante l'evoluzione musicale dei Violent Solution, Jan Rechberger e Esa Holopainen si rendono conto di voler cambiare radicalmente lo stile sonoro del loro gruppo e decidono di formare una death metal band reclutando, come cantante proprio Tomi Koivusaari (ex membro dei Violent Solution) e come bassista Oppu Laine.
In questo periodo la band chiese a Tomi di tirare su i toni della chitarra ritmica e del cantato, questo avrebbe permesso di accedere ad un nuovo sound, abbandonando le produzioni precedenti ed approdando ad un nuovo stile sonoro.
Visto l'impegno che Tomi metteva nel progetto "Amorphis", ruppe i rapporti con gli Abhorrence che avrebbero proseguito autonomamente il loro cammino nella musica estrema.
Appena il gruppo ebbe finito di registrare il primo demo, Tomi ricevette una lettera dalla Relapse Records che gli offriva un contratto per gli Abhorrence.
Visto che non faceva più parte della band, pensò di unire alla missiva di ritorno il nuovo demo registrato con gli Amorphis; così registrarono prima "The Karelian Isthmus", lavoro di death metal classico e, poco dopo, l'Ep "Privilege Of Evil" a cui partecipò anche il vocalist originale degli Abhorrence, Jukka Kolehmainen.
La band adottò rapidamente un nuovo modo di fare musica e, soprattutto, un nuovo sound, ricco di contaminazioni e sperimentazioni: il risultato fu un mix di Death metal e Folk metal che soprattutto nei primi lavori risultava ancora legato ai canoni del growl.
Il successo ottenuto con "Tales From The Thousand Lakes", album con testi incentrati sul testo epico finlandese "Kalevala", grazie all'unione fra parti melodiche e parti death metal fu enorme.
Kasper Mårtenson, a disagio con gli obblighi richiesti ad un gruppo in via di consacrazione, fu sostituito da Kim Rantala con il quale la band registrò il famoso "Elegy", che vide le parti col cantato pulito del nuovo membro Pasi Koskinen prevalere sul growl di Tomi Koivusaari.
Capolavori indiscussi della produzione della band finlandese sono "Tales from the Thousand Lakes", "Elegy" (con il masterpiece My Kantele) e "Tuonela", considerato l'album più leggero della band. Le tradizioni e le sonorità della musica e della cultura finnica sono ben amalgamate con elementi di progressive death metal di buon livello. In queste due produzioni il growl viene ridotto all'osso, per fare posto ad un cantanto pulito e maggiormente aderente alle sonorità folk.
Con i due album successivi, "Am Universum" e "Far from the Sun", il growl scompare del tutto per tornare a far capolino solo con "Eclipse" e successivamente con i seguenti "Silent Waters" e "Skyforger", formanti un trittico di album stilisticamente piuttosto simili e fortemente influenzati dalla partecipazione di Tomi Joutsen.
Dopo la raccolta "Magic & Mayhem - Tales from the Early Years", gli Amorphis nel 2011 escono con "The Beginning of Times", continuando sulle orme del trittico precedente.
Due anni dopo esce "Circle", mentre nel 2015 è il turno di "Under the Red Cloud", che con uno stile più personale e duro si rivela forse il migliore dell'era Joutsen.
Nel 2018 ecco il full "Queen Of Time" e quest'anno la band pubblica il nuovo live album registrato nel 2019 "Live At Helsinki Ice Hall".
Nel 2022 ecco l'esordio per Atomic Fire Records con "Halo" che conferma il buono stato di salute dei finnici, quest'anno la band pubblica il live registrato nel 2021 al celebre Tavastia con l'intera proposizione dell'album del 2018 "Queen Of Time".