I Pestilence, Patrick Mameli (chitarra, voce), Randy Meinhard (chitarra), Marco Foddis (batteria), registrarono due demo prima di ricevere molta attenzione dalla Roadrunner Records.
Dopo il primo demo Martin van Drunen (basso/voce) entrò a far parte del gruppo.
Questi due demo, "Dysentery "(1986) e "The Penance" (1987), erano ancora molto grezzi, a metà strada fra i Possessed e "Schizophrenia" dei Sepultura.
Dopo la firma di un contratto con la Roadrunner Records, i Pestilence pubblicarono il loro primo disco, "Malleus Maleficarum" nel 1988, continuando a raffinare il loro approccio al thrash metal.
Il nuovo materiale era più maturo rispetto ai demo.
Poco dopo il chitarrista Randy Meinhard lasciò la band per inseguire altri stili con un nuovo gruppo chiamato Sacrosanct, venendo rimpiazzato da Tony Choy.
Quest'ultimo, comunque, non fu mai un componente fisso del gruppo, e finì per tornare in Florida dove suonò con gli Atheist.
Nel frattempo, i Pestilence ingaggiarono il talentuoso Jeroen Paul Thesseling.
Col passare degli anni i Pestilence improntarono nel loro sound influenze esterne al metal, soprattutto jazz-fusion.
L'ultimo disco del gruppo, "Spheres", venne pubblicato nel 1993. Come in ogni disco ci furono dei cambiamenti, inserendo, oltre alle parti jazz-fusion, l'uso delle chitarre-sintetizzatore (guitar synth).
La popolarità dei Pestilence saliva ad ogni uscita discografica, ma sfortunatamente ci furono delle tensioni all'interno del gruppo.
Così, dopo un breve periodo di tempo, la band decise unanimemente di sciogliersi.
Nel 1994 la Roadrunner pubblicò l'ultimo disco dei Pestilence, un best-of intitolato "Mind Reflections", contenente tracce pescate da tutti e quattro gli album con l'aggiunta della rarissima "Hatred Within" (originariamente pubblicata su "Teutonic Invasion Part II" compilation) e sei tracce live inedite registrate al Dynamo Open Air Festival nel 1992.
Nel 2006 è stato pubblicato un album dal titolo "Chronicles Of The Scourge" via Metal War Productions, documento sonoro registrato dal vivo con ancora Martin Van Drunen alla voce. Precisamente contiene due concerti: l'esibizione al Kix Festival di Veghel, Olanda e il concerto di Bochum, Germania, entrambi del 1989.
Il 18 gennaio 2008 il gruppo ha diramato la notizia della riunione, la formazione sarà composta da Patrick Mameli nelle vesti di cantante e chitarrista, Patrick Uterwijk alla chitarra, Tony Choy al basso e Peter Wildoer alla batteria.
La nuova formazione fresca di riunione pubblicò in breve tempo il nuovo lavoro "Resurrection Macabre" (2009), seguito dal successivo "Doctrine" (2011) e "Obsideo" (2013). Altro cambio di line up dove il mastermind Mameli ormai plenipotenziario della band cambia tutti i componenti ed insieme pubblicano nel 2021 "Exitvm".
Quest'anno gli olandesi pubblicano la compilation "Levels Of Perception" fatta da brani precedenti riregistrati per l'occasione ed ha avuto diverse critiche per la copertina creata con l'uso dell'AI ma cambiata in tutta freta.